细胞中小分子结合位点的改进定位

　　斯克里普斯研究所的研究人员创造了一种新的、高分辨率的方法来识别活细胞中蛋白质的假定治疗目标。

　　这些发现可能会导致对几乎所有影响人类的疾病进行更专门的治疗。

　　寻找与人类疾病有关的靶蛋白的新方法是全世界许多研究人员最关心的问题。然而，找到一种改变这些蛋白质功能的方法可能具有挑战性，尤其是在活细胞中。现在，斯克里普斯研究所的研究人员发明了一种新技术，可以研究蛋白质如何与人体细胞中类似药物的小分子相互作用，为可能的治疗靶点提供了重要的见解。

　　该策略于2024年1月2日发表在《自然化学生物学》杂志上，它将分析方法与化学方法结合起来，以确定蛋白质和小分子结合的精确位置。最后，这种方法可能会创造出更有效、更有针对性的药物。

　　为了创造有效的治疗各种人类疾病的方法，帕克实验室试图了解蛋白质在每种类型的人类细胞中的功能。在这项研究中，帕克和同事们开发了一种新的技术来分析蛋白质如何与活细胞中的小分子相互作用，这是在斯克里普斯研究所教授本杰明·克拉瓦特博士实验室早期工作的基础上进行的。

　　为了更深入地了解这些蛋白质如何以比以前高得多的分辨率与小分子相互作用，研究小组设计了一种分析方法。该团队通过使用被称为光亲和探针的化学探针来实现这一目标。光亲和探针是一种分子，当暴露在光线下时，它会变得活跃，使探针能够结合和捕获蛋白质。

　　帕克团队通过收集蛋白质与光亲和探针相互作用的数据，确定了小分子可以附着和结合的蛋白质位置。从本质上讲，研究小组发现了1000多个新的锁——蛋白质上的结合位点——和相应的键，或小分子，其中绝大多数是以前未被报道的小分子结合的新位置。研究小组还发现了新的结合位点特征，比如形状的改变。

　　该论文的另一位共同第一作者是李伟超博士，他也是帕克实验室的一名研究助理。

　　然后，作者利用本研究中的大量数据，与综合结构和计算生物学系副教授Stefano Forli博士合作，模拟了特定分子如何与这些蛋白质结合。在这个信息库的帮助下，可以创造出与蛋白质更集中相互作用的药物。